La clause de conscience est ce qui permet certains professionnels par exemple un médecin, de refuser de pratiquer certains actes.
La clause de conscience est ce qui permet à des individus appartenant à certaines professions, comme par exemple un médecin, de refuser de pratiquer certains actes, hors situation d’urgence, pour des raisons personnelles (morales, religieuses, philosophiques) s’il juge que l’acte en question pourrait aller à l’encontre de ses convictions personnelles. Pour la professeure de droit Marie-Hélène Bernard-Douchez, la clause de conscience « […] autorise celui qui invoque un conflit de devoirs à faire prévaloir les exigences de sa conscience sur la règle de droit strict. Il s'agit bien d'un privilège exceptionnel […] ». Cependant, dans une telle situation, le médecin a le devoir d’assurer la continuité des soins, a fortiori lorsqu’il s’agit d’actes médicaux à pratiquer dans des délais contraints, comme par exemple dans le cas de l’IVG. Par conséquent, le médecin a le devoir d’informer le ou la patiente de son refus, mais également le devoir de l’orienter vers un confrère qui réalisera l’acte médical, afin que la poursuite des soins puisse être assurée de la meilleure manière possible, sans perte de chance pour le ou la patiente. Il convient de préciser que la clause de conscience est présente chez différents professionnels de santé (notamment sages-femmes, infirmiers), pas seulement chez les médecins, encore une fois à condition que la continuité des soins soit garantie pour le patient. Certains actes médicaux sont touchés par une double clause de conscience, c’est-à-dire une clause de conscience spécifique qui vient s’ajouter à la clause de conscience générale comme par exemple L’IVG, les recherches sur l’embryon humain et les cellules souches, les stérilisations à visée contraceptive.
Il est également important de souligner que les motifs du refus émanent d’une conviction profonde, qui peut être morale et/ou religieuse, que ce refus porte sur un acte médical à la fois légal, justifié, consenti, voire dans certains cas, demandé par le patient, et en aucune façon sur une personne (on ne refuse pas une personne).
Ainsi, si la clause de conscience représente l’émanation de la liberté de conscience puisqu’elle permet de ne pas agir contre ses convictions, contre sa conscience, elle n’en est pas moins parfois vivement critiquée et régulièrement remise en question. Pour Marie-Hélène Bernard-Douchez, si, en droit médical, la notion de clause de conscience est si difficile à appréhender c’est parce qu’elle permet une « coexistence entre le droit et la morale » qui n’est pas exempte de conflits. En effet, exercer sa liberté de conscience en invoquant cette clause peut venir mettre en forte tension la conscience morale d’un professionnel de santé et l’intérêt du patient(e). Et face à des droits qui suscitent des cas de conscience, et à mesure que s’élargissent des droits existants, ou bien que de nouveaux droits apparaissent, la clause de conscience est de plus en plus revendiquée par certains, ou de plus en plus critiquée par d’autres.
Du point de vue éthique, la clause de conscience vient mettre en tension des aspects importants puisque son invocation reste une décision individuelle d'un soignant, mais cela peut devenir un problème collectif d'accès aux soins dès lors qu'elle est généralisée dans un service de soins ou une région, à plus forte raison dans une situation de démographie médicale précaire. Alors, dans quelles conditions un refus de pratiquer un acte qui serait à la fois légal, médicalement justifié et consenti, serait-il éthiquement acceptable ?
Un ou une professionnelle de santé ne peut invoquer la clause de conscience s’il existe une urgence vitale. Par ailleurs, cette objection doit être fondée sur des convictions structurantes et capitales pour l’individu, elle doit porter sur un acte et non sur la possibilité même, pour le patient, de bénéficier de l’acte auprès d’un autre médecin. On ne peut pas en effet refuser l’accès à une intervention légale, consentie, médicalement justifiée. Le patient doit être informé clairement et rapidement par le médecin invoquant sa clause de conscience de son refus de pratiquer, à titre individuel, l’acte en question, et être réorienté vers un autre soignant susceptible d’y consentir. Il doit systématiquement exister une alternative possible, pour le patient, afin d’accéder au soin. En ce cas l’institution a certainement un rôle de responsabilité à jouer, et doit pouvoir garantir de telles alternatives, notamment dans un contexte de pénurie de soignants dans certaines disciplines, dans certains territoires. L’intérêt du patient ne doit pas être sacrifié au nom de la protection de la liberté de conscience des soignants au sein d’une équipe. Par ailleurs, il s’agit d’une abstention de pratiquer un acte médical, en aucun cas il ne s’agit d’un jugement moral représentant une intolérance à l’encontre d’une personne et qui viendrait donner droit à un comportement moralisateur envers le patient ou le confrère acceptant de pratiquer l’acte médical. Ainsi la clause de conscience doit porter une tolérance mutuelle intrinsèque, nécessaire à toute relation de soin.